Arrêt maladie 2026 : indemnisation, ce qui change au 15 octobre

Par Avocats de Confiance · Publié et vérifié le 8 octobre 2026. Ce guide concerne principalement les salariés du secteur privé. Les régimes de la fonction publique et des indépendants nécessitent une vérification spécifique.

Les trois dates à distinguer cet automne

Un arrêt maladie en 2026 soulève plusieurs questions : combien de temps le professionnel de santé peut-il prescrire, pendant combien de temps la caisse indemnise-t-elle l’absence, et quelle somme reste à la charge de l’entreprise ? Les nouvelles règles ne répondent pas toutes à la même question. Les textes sont publiés au Journal officiel ; certaines mesures sont déjà en vigueur, d’autres auront un effet dans les prochaines semaines.

Ce calendrier ne signifie donc pas que tout salarié malade perdra son indemnisation après un an. Il ne permet pas non plus de déduire le montant net qui figurera sur la prochaine fiche de paie.

ALD non exonérante : qui passe de trois ans à un an ?

Le décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026 concerne notamment les assurés du régime général, les salariés agricoles et les clercs et employés de notaire. Pour une affection de longue durée non exonérante relevant du nouveau dispositif, la période maximale de versement des indemnités journalières passe de trois ans à un an. L’application commence le 15 octobre.

Le Code du travail numérique détaille cette réforme. Il précise également qu’une nouvelle période, au titre de la même maladie, suppose une reprise du travail pendant au moins un an. Une succession de certificats ne remet donc pas automatiquement le compteur à zéro.

Reconnaître la bonne catégorie d’affection

Une ALD exonérante ouvre une prise en charge des soins liés à l’affection au maximum remboursable par la Sécurité sociale. Cela ne signifie pas que tous les frais réels sont remboursés. L’ALD non exonérante correspond à une autre situation : elle peut justifier un arrêt prolongé sans ouvrir cette exonération. Le remboursement des soins et l’indemnisation du revenu sont deux mécanismes à distinguer.

La présentation officielle des ALD sur ameli.fr aide à comprendre ces catégories. Pour votre dossier personnel, demandez au médecin traitant ou au service médical de votre caisse quelle reconnaissance a été accordée. Le nom courant de la pathologie ne suffit pas à trancher.

Les arrêts déjà en cours demandent une lecture particulière

La nouvelle règle vise les prescriptions à compter du 15 octobre 2026 et les incapacités déjà en cours atteignant six mois à compter de cette date. L’article 3 du décret, consultable sur Légifrance, protège toutefois les situations déjà reconnues dans la procédure dérogatoire qu’il désigne, jusqu’au terme de l’ancienne période maximale de trois ans.

Service Public résume cette transition ainsi : les personnes déjà en arrêt depuis plus de six mois à cette date restent soumises à l’ancien régime. Pour un dossier proche de cette frontière, faites confirmer par écrit la date retenue et la reconnaissance enregistrée par la caisse. Une date approximative ou un simple souvenir de la première absence est insuffisant.

Les ALD exonérantes conservent, pour leur part, une durée maximale de trois ans. Le détail et les publics concernés figurent dans l’actualité officielle publiée le 24 septembre 2026.

Prescription et indemnisation : deux durées différentes

Depuis le 1er septembre, la première prescription est en principe plafonnée à 31 jours et chaque prolongation à 62 jours. Une prolongation au-delà de la durée plafonnée reste possible lorsque l’état de santé du patient le nécessite, dans les conditions prévues. Les recommandations de la Haute Autorité de santé sont prises en compte lorsqu’elles existent. Ces plafonds ne s’appliquent pas à Mayotte.

Le médecin, la sage-femme ou le chirurgien-dentiste intervient dans son cadre de prescription. Pour comprendre les exceptions et les prescripteurs habilités, consultez la fiche Service Public sur le plafonnement des arrêts. Une durée prescrite ne constitue jamais, à elle seule, une promesse de versement des prestations pendant toute cette durée.

Conservez ensemble le premier avis, les prolongations et les justificatifs de transmission. Pour la relation avec votre entreprise, notre guide sur l’envoi de l’arrêt de travail par courriel à l’employeur traite séparément des formalités de communication.

AT/MP : ce qui change au 1er novembre

Le décret n° 2026-909 du 30 septembre modifie le paramètre de rémunération retenu pour calculer les prestations liées à un accident du travail ou à une maladie professionnelle. Il s’applique aux arrêts survenant à compter du 1er novembre 2026.

La publication officielle du 8 octobre indique un passage du coefficient de 0,834 % à 0,226 % du plafond annuel de la Sécurité sociale. Elle rapproche le nouveau niveau de 1,8 fois le Smic. Il s’agit du paramétrage de la base plafonnée : il serait inexact de présenter « 1,8 Smic » comme le montant que chaque assuré recevra.

Pour les rémunérations supérieures au seuil, la part de l’Assurance maladie peut diminuer. La part patronale augmente lorsqu’un maintien de salaire est applicable. Sans examiner les garanties et leur durée, il est impossible d’affirmer que le revenu total restera identique. Le régime des accidents professionnels doit aussi être distingué de celui de la maladie ordinaire.

Ce que salariés et employeurs doivent vérifier sur la paie

Le complément légal obéit à des conditions. L’article L. 1226-1 du Code du travail prévoit notamment une ancienneté d’un an dans l’entreprise, la justification de l’incapacité dans les quarante-huit heures, une prise en charge par la Sécurité sociale et des conditions territoriales de soins. Le texte comporte des exclusions, notamment pour certaines catégories d’emplois. Il faut donc lire la règle applicable au contrat plutôt que généraliser.

La convention collective, un accord ou le contrat peuvent prévoir des dispositions spécifiques plus favorables. Le service officiel sur le maintien de salaire permet de rechercher les règles conventionnelles. Les garanties de prévoyance doivent également être examinées dans leurs propres documents.

Pour préparer un contrôle utile, rassemblez les données suivantes :

• La notification de la caisse, ses motifs et la date à laquelle elle vous est parvenue.
• Le décompte des journées indemnisées, le montant de l’indemnité journalière et les paiements effectivement reçus.
• Les bulletins correspondant aux mêmes périodes, avec le détail du complément.
• La convention collective mentionnée sur la paie et la notice de prévoyance disponible.
• Une chronologie courte des démarches, avec les réponses du service de paie.

Demandez une explication chiffrée avant de conclure à une erreur : quelle période est payée, quelle base a été utilisée et quelle garantie finance chaque somme ? Un décalage entre deux documents n’établit pas, à lui seul, un manquement. À l’inverse, une réponse générale sur « la nouvelle loi » ne remplace pas le calcul propre à votre situation.

Du côté des ressources humaines, la gestion de ces changements nécessite de distinguer les dates d’effet. Évitez d’appliquer une mise à jour du logiciel indistinctement à tous les dossiers. Le contrôle doit pouvoir être expliqué à partir des pièces et des textes, sans collecter davantage de données médicales que nécessaire.

Une sanction distincte pour les arrêts injustifiés

Depuis le 19 septembre 2026, le dispositif vise également l’assuré qui cherche à obtenir un arrêt non justifié par son état de santé. Le Code du travail numérique rappelle cette nouvelle sanction. Elle ne doit pas être confondue avec l’arrivée au terme des droits : une interruption de paiement ne prouve pas, à elle seule, un abus. Le motif de la décision reste essentiel.

Dans ce contexte, une consultation en droit social peut aider à distinguer l’obligation de l’entreprise, la protection sociale et une éventuelle contestation médicale. Le professionnel pourra examiner le contrat de travail et les notifications, sans se substituer au prescripteur dans l’appréciation de la situation du patient.

Lorsque l’absence se prolonge, l’indemnisation et la rupture du contrat restent deux sujets différents. Notre analyse du licenciement pour absence prolongée après l’arrêt du 9 septembre 2026 explique les conditions de désorganisation, de remplacement définitif et de discrimination.

Quel recours si le montant ou la fin des droits est contesté ?

Une décision administrative de la caisse

Un refus de prestation ou un désaccord administratif sur les IJSS relève d’abord de la commission de recours amiable (CRA). Le délai est de deux mois à partir de la notification contestée. Une lettre recommandée permet de conserver une preuve de la démarche. Après rejet, explicite ou implicite, le contentieux relève du tribunal judiciaire, pôle social. Lisez la procédure officielle de contestation administrative et les voies de recours figurant sur votre courrier.

Une décision d’ordre médical

Le circuit passe par la commission médicale de recours amiable (CMRA), avec un délai initial de deux mois après notification. Ne confondez pas les deux commissions : la fiche officielle sur les contestations médicales précise les pièces, les délais et la saisine ultérieure du pôle social. Un message ordinaire dans votre espace personnel ne doit pas être considéré sans vérification comme un recours formel.

Un complément dû par l’entreprise

Un différend individuel sur l’exécution du contrat relève du conseil de prud’hommes, comme le rappelle Service Public. Il ne suit pas la même voie qu’une contestation de la CPAM. Identifiez donc l’auteur de la décision avant de choisir la juridiction.

Pour une consultation, apportez les documents utiles, votre chronologie et la question précise à résoudre. Vous pouvez comparer les pratiques des avocats en droit du travail dans les Yvelines puis vérifier que le cabinet traite aussi le droit de la Sécurité sociale si votre litige vous oppose à une caisse. Notre guide pour choisir un avocat aide à préparer ce premier échange.

Questions fréquentes

Tous les arrêts maladie seront-ils limités à un an ?

Non. Cette réforme vise la durée dérogatoire d’indemnisation de certaines ALD non exonérantes. Les ALD exonérantes gardent une période maximale de trois ans et les règles transitoires protègent certaines situations antérieures. Il faut vérifier la catégorie et la date retenues par la caisse.

Le 15 octobre remet-il mon compteur à zéro ?

Non. L’entrée en application ne crée pas automatiquement une nouvelle année de droits. La caisse doit déterminer la période applicable à votre dossier. Demandez un décompte écrit si la date de fin annoncée vous paraît incohérente.

La prolongation médicale garantit-elle le maintien du revenu ?

Non. Le professionnel de santé apprécie la nécessité de l’arrêt ; l’ouverture des droits et leur durée relèvent de règles distinctes. Le complément versé par l’employeur dépend aussi des garanties applicables.

Ces nouvelles règles remplacent-elles celles des congés payés ?

Non. L’indemnisation de l’absence et l’acquisition des congés payés sont des questions différentes. Notre article sur l’arrêt maladie et le plafond de 24 jours de congés payés traite de cette autre question.

Sources et méthode

Actualité vérifiée le 8 octobre 2026 à partir des pages officielles liées dans le texte : Légifrance, Service Public, Code du travail numérique et Assurance maladie. Les dates d’application futures sont distinguées des mesures déjà en vigueur. L’analyse porte sur les textes publiés, sans annoncer un projet comme une règle acquise.

Ce contenu d’information générale aide à préparer les vérifications ; l’examen du dossier reste nécessaire pour déterminer des droits individuels. L’image d’ouverture est une illustration originale générée, sans lien avec un litige réel.